Przy wystawianiu refaktury nie musimy powielać treści faktury zakupowej, a w tytule wpisujemy „Faktura”. Wystawienie refaktury musi nastąpić do 15. dnia następnego miesiąca po wykonaniu odsprzedawanej usługi lub dostarczeniu towaru. Możemy również wystawić refakturę 30 dni przed odsprzedażą usługi lub dostarczeniem towaru.
Co do zasady, refakturowane towary i usługi są opodatkowane według tych samych stawek podatku VAT, jak zastosowane przy ich zakupie. Musimy pamiętać o wyjątkach od tej zasady.
Dla niektórych czynności tylko określone podmioty są uprawnione do stosowania obniżonej stawki VAT lub zwolnienia od podatku. Jeżeli przedsiębiorca refakturujący taki zakup nie korzysta ze zniżek, powinien opodatkować fakturę według zasad ogólnie obowiązujących.
Warto mieć na uwadze, że nawet jeżeli nabywamy usługi od podatników korzystających ze zwolnienia z VAT, a my jesteśmy czynnym podatnikiem VAT, to przy odsprzedaży musimy stosować stawkę podatku VAT właściwą do danych usług.
W sytuacji, gdy miejsce świadczenia nabywanej usługi znajduje się na terytorium Polski, a miejsce świadczenia odsprzedawanej usługi poza terytorium Polski, wystawiane refaktury nie powinny zawierać stawki i kwoty podatku oraz kwoty należności wraz z podatkiem, mimo, że podatnik refakturujący otrzymał fakturę z podatkiem VAT obowiązującym na daną usługę.
Refakturowanie nie jest dopuszczalne, gdy obciąża nabywcę dodatkowymi kosztami związanymi z dostawą towarów lub świadczeniem usług. Powinny one być wkalkulowane w cenę towaru lub usługi, a nie odrębnie refakturowane.
Refakturowanie nie może też być sposobem na podzielenie świadczenia kompleksowego, składającego się z kilku części składowych na świadczenia cząstkowe.